먼저 나온것이 MyISAM 타입이며, 초기에는 MyISAM 이 훨씬 속도도 빨랐습니다.
이후 InnoDB 타입이 나오면서 transaction, UNION 문법지원, FOREIGN KEY 지원등 여러가지
기능이 추가되었으며, MyISAM 타입과 InnoDB 타입의 속도는 선택적으로 차이가 나게 되었습니다.

** 참고  mysql 기본 명령어 **
show status - MySQL 데이타베이스의 현재 상황
show Processlist - MySQL 프로세스 목록
show variables - 설정 가능한 모든 변수 목록
flush logs - MySQL의 로그파일 초기화
flush status - MySQL 상태정보 초기화
flush thread - 쓰레드 캐시에 저장된 쓰레드 초기화
flush tables - MySQL에 캐싱된 테이블 초기화
flush privileges - 권한정보 재 설정

Aborted_clients - 클라이언트 프로그램이 비 정상적으로 종료된 수
Aborted_connects - MySQL 서버에 접속이 실패된 수
Max_used_connections - 최대로 동시에 접속한 수
Threads_cached - Thread Cache의 Thread 수
Threads_connected - 현재 연결된 Thread 수
Threads_created - 접속을 위해 생성된 Thread 수
Threads_running - Sleeping 되어 있지 않은 Thread 수

각각의 방식이 모두 장 단점이 있기때문에 상황에 맞도록 취사선택 하는 것이 좋을것 같습니다.

MyISAM
1. transaction 지원안함. (insert, update, delete 작업시 부가작업 않함)
2. 일반적으로 insert, update 할때 빠른 속도
3. 초당 100 query 정도에 적합 ( 일반 게시판 수준 )
4. update 시 table Lock (Table level locking )
5. Record 수가 많을 때 ALTER  에서 MyISAM  속도 양호
6. 테이블과 인덱스를 각각의 파일로 저장

InnoDB
1. Transaction, Foreign Key, UNION 문법지원
2. 동시에 읽고 쓰기가 많은 경우 ( 초당 400~ 500 query )
3. 안정성 측면에서 MyISAM 보다는 조금더 우수함.
4. update시 행단위 lock ( row level locking )
    : select 에서 읽을수 있도록 non-lock 가능
5. Record 수가 많고, 동시 사용자 수가 많은 경우 InnoDB의 성능이 어느정도 양호함.
6. Foreign Key 나 Transaction 등이 필요한 상황에서는 InnoDB 선호
7. 제공하는 기능이 다양한 반면, 프로세스 자체는 MyISAM에 비해 무거움.
8. 테이블과 인덱스를 tablespace에 저장.
9. 데이터와 인덱스를 캐시하기 위한 자체적인 buffer pool로 주 메모리를 사용
10. dump 를 이용한 백업